В XII веке из Новгорода христианское влияние дошло до самой восточной части Финляндии – Карелии. Монахи распространяли слово Божие, и их монастыри превращались в крепости веры. В 1809 году Финляндия стала великим княжеством императорской России, и православная церковь была императорской церковью и частью русской государственной церкви. Православное христианство распространилось в западную Финляндию в основном с русскими военными и купцами.
В конце XIX века православную церковь пытались использовать как инструмент русификации. После революции в России и провозглашения независимости Финляндии (1917) связи церкви с Московским патриархатом были порваны, а в 1923 она получила автономный статус под Константинопольским патриархатом. В первые годы независимости была налицо растущая тенденция к акцентированию финского национального начала в православной церкви Финляндии.
Во время Второй мировой войны церковь лишилась своих монастырей и почти 90% своего имущества. Две трети из ее членов были вынуждены оставить свои дома. Послевоенное время было периодом интенсивного восстановления. Государство финансировало строительство новых церквей, часовен, домов для священников, кладбищ. Религиозные общины Валаамского мужского монастыря и Линтульского женского монастыря, которые находились на уступленной карельской территории, были воссозданы в коммуне Хейнявеси в восточной Финляндии.
Число членов православной церкви сильно сократилось в 1950-е и 1960-е годы в результате высокой доли (почти 90%) браков между лютеранами и православными. Дети из этих браков были обычно крещены в лютеранскую веру. Направление изменилось в 1980-е годы: число членов православной церкви начало расти, когда количество вступающих в нее превысило количество отделяющихся от нее. Она имеет в настоящее время 55.000 членов, т.е., 1,1% населения Финляндии. Возрос, в особенности, интерес к православным традициям Карелии и литургическим обрядам церкви. Перемещенные монастыри «Новый Валаам» и «Линтула» превратились в важные места паломничества. В Валаам приезжает ежегодно около 150.000 посетителей.